HiC-Proを遺伝研スパコンにインストールする

HiC-Proについて ゲノムのcontigを正確にscaffoldingするために、Hi-Cリードデータが用いられる。HiC-Pro はfastq ファイル からコンタクトマップの描画まで、Hi-C データを処理するように設計されているソフトウェアである。 github.com 準備 遺伝研スパコ…

遺伝研スパコン上でレファレンス配列のインデックスファイル（.fai）を作成する

NCBIなどからリファレンス配列をダウンロードした際に、scaffoldのIDやcontigのIDなどを知りたい場合がある。 その際に便利なのが、インデックスファイル（.fai）。 インデックスファイル（.fai）はSamtools faidxを実行することで作成できます。 www.htslib…

' rm ディレクトリ名'　で削除できない場合

遺伝研スパコン上でディレクトリを削除しようとした時に、以下のようなエラーが発生した。 rmdir: `stderr' を削除できません: ディレクトリは空ではない どうやら、ディレクトリ内にファイルが存在する場合（見えていないシステムファイルがある）、rmコマ…

PLINKでSNPをフィルタリングする方法（その1）

www.cog-genomics.org 遺伝統計ソフトのPLINK 1.90は、SNPのフィルタリングだけでなく、主成分分析や連鎖解析など、様々な解析に使用可能。 マイナーアリル頻度（MAF）やジェノタイピング率（Call rate）で、SNPをフィルタリングするコードの例が以下である…

configureでソフトウェアをインストールする際に発生した問題について

sourceforge.net Windowsで、家系解析ソフトウェアのFranzをインストールしたが、 アプリケーションが開かないという問題が発生した。ウェブサイトには以下のような説明があり、 今のWindowsでは動かせない可能性がある。 WindowsIf you want to install FRA…