2022-01-01から1年間の記事一覧
HiC-Proについて ゲノムのcontigを正確にscaffoldingするために、Hi-Cリードデータが用いられる。HiC-Pro はfastq ファイル からコンタクトマップの描画まで、Hi-C データを処理するように設計されているソフトウェアである。 github.com 準備 遺伝研スパコ…
NCBIなどからリファレンス配列をダウンロードした際に、scaffoldのIDやcontigのIDなどを知りたい場合がある。 その際に便利なのが、インデックスファイル(.fai)。 インデックスファイル(.fai)はSamtools faidxを実行することで作成できます。 www.htslib…
遺伝研スパコン上でディレクトリを削除しようとした時に、以下のようなエラーが発生した。 rmdir: `stderr' を削除できません: ディレクトリは空ではない どうやら、ディレクトリ内にファイルが存在する場合(見えていないシステムファイルがある)、rmコマ…
www.cog-genomics.org 遺伝統計ソフトのPLINK 1.90は、SNPのフィルタリングだけでなく、主成分分析や連鎖解析など、様々な解析に使用可能。 マイナーアリル頻度(MAF)やジェノタイピング率(Call rate)で、SNPをフィルタリングするコードの例が以下である…
sourceforge.net Windowsで、家系解析ソフトウェアのFranzをインストールしたが、 アプリケーションが開かないという問題が発生した。ウェブサイトには以下のような説明があり、 今のWindowsでは動かせない可能性がある。 WindowsIf you want to install FRA…