HiC-Proを遺伝研スパコンにインストールする
HiC-Proについて
ゲノムのcontigを正確にscaffoldingするために、Hi-Cリードデータが用いられる。HiC-Pro はfastq ファイル からコンタクトマップの描画まで、Hi-C データを処理するように設計されているソフトウェアである。
github.com
準備
- 遺伝研スパコン利用
- 以下のコマンドでメモリ容量多めにしてqloginする
- メモリが足りないとインストールがうまくいかないことがある
qlogin -l s_vmem=20G -l mem_req=20G
gitからソースをダウンロード
git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro
ダウンロードしたソースのフォルダ内にymlファイルがあるので、新たにcondaの環境を導入
conda env create -f ｛ホームディレクトリからenvironment.ymlまでのパス｝/environment.yml -p ｛インストールするフォルダのパス｝
環境のアクティベート
conda activate ｛上でインストールしたフォルダのパス｝
HiC-Proをソースからコンパイル
【注意】
- 通常ではHiC-Pro_3.1.0を/usr/local/bin/にコピーすることになっているが権限の問題でできない。
- なので、make configureの後、Makefileの最後に書かれているcpコマンドのコピー先ディレクトリをホームディレクトリ下に変更することで解決する。
make configure make install
インストール完了後、動作確認
｛ホームディレクトリからHiC-Pro_3.1.0までのパス｝/HiC-Pro_3.1.0/bin/HiC-Pro --help
helpが表示されればインストールが完了している。
